Berdasarkan Peraturan Badan POM Nomor 21 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengawas Obat dan Makanan, PPPOMN berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala BPOM melalui Sekretaris Utama.
PPPOMN terdiri atas 5 bidang, 1 Subbagian Tata Usaha, dan 3 Unit Pelaksana Teknis. Bidang dalam PPPOMN yaitu:
Masing-masing bidang membawahi 2 subbidang yang melaksanakan fungsi teknis pengujian.
Berdasarkan peraturan Badan POM No 30 tahun 2019, Unit Pelaksana Teknis di lingkungan PPPOMN terdiri dari:
PerBPOM No 21 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengawas Obat dan Makanan (klik di sini)
PerBPOM No 23 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Pusat Pengembangan Pengujian Obat dan Makanan Nasional Badan Pengawas Obat dan Makanan (klik di sini)
  Jalan Percetakan Negara Nomor 23
    Jakarta - 10560 - Indonesia
  +6221 4244691 / 42883309 / 42883462
  +6221 4263333
  +6281 21 9999 533 (SMS)
  ppid@pom.go.id
      halobpom@pom.go.id / pengaduanyanblik@pom.go.id