Berdasarkan Peraturan Badan POM Nomor 21 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengawas Obat dan Makanan, PPPOMN berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala BPOM melalui Sekretaris Utama.

PPPOMN terdiri atas 5 bidang, 1 Subbagian Tata Usaha, dan 3 Unit Pelaksana Teknis. Bidang dalam PPPOMN yaitu:

1. Kelompok Substansi Pengembangan Pengujian Kimia Obat, Bahan Obat, Narkotika, Psikotropika, Prekursor, dan Zat Adiktif
2. Kelompok Substansi Pengembangan Pengujian Kimia Obat Tradisional, Obat Kuasi, Suplemen Kesehatan, dan Kosmetik
3. Kelompok Substansi Pengembangan Pengujian Kimia Pangan Olahan dan Air
4. Kelompok Substansi Pengembangan Pengujian Mikrobiologi dan Biologi Molekuler
5. Kelompok Substansi Pengembangan Baku Pembanding

Masing-masing bidang membawahi 2 subbidang yang melaksanakan fungsi teknis pengujian.

Berdasarkan peraturan Badan POM No 30 tahun 2019, Unit Pelaksana Teknis di lingkungan PPPOMN terdiri dari:

1. Balai Pengujian Produk Biologi 
2. Balai Pengujian Khusus Obat dan Makanan 
3. Balai Kalibrasi

 PerBPOM No 21 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengawas Obat dan Makanan (klik di sini)

PerBPOM No 23 Tahun 2020 tentang   Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Pusat Pengembangan Pengujian Obat dan Makanan Nasional Badan Pengawas Obat dan Makanan (klik di sini)