Dalam operasional sebuah organisasi seperti BPOM yang terdiri dari berbagai unsur namun untuk mencapai tujuan yang sama, tentu terdapat banyak kepentingan, seperti kepentingan BPOM untuk tercapainya tujuan melalui kinerja terbaik setiap pegawai, kepentingan pegawai untuk terlindungi dan terpenuhi kebutuhannya, serta kepentingan masyarakat sebagai pelanggan akan layanan atau jaminan produk yang aman dan bermutu dari BPOM. Kepentingan-kepentingan yang berbeda tersebut perlu dihubungkan melalui sebuah standar dalam sistem manajemen.

Menurut definisi pada ISO 9001:2015, sistem manajemen adalah sekumpulan unsur organisasi yang saling terkait atau berinteraksi untuk menetapkan kebijakan, sasaran dan proses untuk mencapai sasaran tersebut. Kerangka kerja sistem manajemen menggunakan pendekatan proses dengan pemikiran berbasis risiko yang bertujuan memenuhi kepuasan pelanggan akan produk dan jasa yang dihasilkan suatu organisasi.

Dalam konteks lembaga pemerintahan, sistem manajemen merupakan perpaduan dari pelaksanaan amanat Peraturan Menteri PANRB Nomor 19 Tahun 2018 tentang Penyusunan Peta Proses Bisnis Pemerintah dan Penyelenggaraan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah sebagaimana diamanatkan oleh Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 2008. Dengan demikian sistem manajemen pada BPOM (Sistem Manajemen POM) dapat didefinisikan sebagai kerangka kerja acuan bagi seluruh Unit Organisasi untuk berinteraksi dalam menjalankan tugas dan fungsi (tata hubungan kerja) serta mengelola berbagai unsur dan proses secara efektif, efisien dan akuntabel untuk mencapai tujuan yang ditetapkan. 

Penerapan sistem manajemen tentu memberikan kemanfaatan pada setiap pihak, antara lain: 1) bagi pegawai sistem manajemen akan menciptakan lingkungan kerja yang baik di mana setiap orang memiliki kejelasan tugas dan tanggung jawab; 2) bagi BPOM atau pemerintah sistem manajemen akan membangun citra pemerintahan dan keberhasilan perlindungan masyarakat secara akuntabel; dan 3) bagi masyarakat sistem manajemen akan menghasilkan pelayanan prima, sesuai standar dan persyaratan serta memuaskan. 

Pada akhirnya, sistem manajemen akan membantu organisasi untuk dapat bekerja secara profesional dan memenuhi harapan publik, menciptakan birokrasi yang modern dan responsif, serta mendorong terwujudnya pemerintahan yang bersih dan transparan melalui perbaikan yang berkelanjutan.

Sistem manajemen dalam pengawasan Obat dan Makanan, telah dibangun sejak tahun 2011-2012 dengan pemenuhan standar dan persyaratan serta sertifikasi bertahap ISO 9001 Sistem Manajemen Mutu yang menyempurnakan akreditasi atas penerapan Sistem Manajemen Laboratorium dan Kalibrasi sesuai ISO/IEC 17025 yang telah lebih dulu dijalankan. Dengan semakin berkembangnya kebutuhan organisasi, sistem manajemen pun berkembang yang menuntut kebijaksanaan organisasi dalam penerapannya. Pemenuhan berbagai standar dan persyaratan sistem manajemen internasional pada akhirnya terbentur dengan keterbatasan sumber daya dan berbagai wujud duplikasi yang tidak sejalan dengan reformasi birokrasi.

Perkembangan sistem manajemen yang disertai dengan penyempurnaan format High Level Struktur pada sistem manajemen standar ISO perlu di kelola dengan baik dan menjadi peluang bagi penerapan sistem manajemen yang lebih efektif namun tetap efisien. Pengintegrasian sistem manajemen standar ISO yang bersifat sukarela juga dapat diintegrasikan dengan penyelenggaraan sistem pengendalian intern yang bersifat wajib bagi organisasi pemerintahan. Hingga saat ini perkembangan sistem manajemen telah sampai pada penerapan sistem manajemen pengawasan obat dan makanan yang terintegrasi.

Sistem manajemen POM terintegrasi yaitu sistem manajemen yang menggabungkan banyak aspek dari sistem organisasi dan proses untuk menyatukan dalam satu kerangka kerja yang lengkap dan memungkinkan suatu organisasi memenuhi persyaratan lebih dari satu standar sistem manajemen. Sistem manajemen terintegrasi dibangun dalam 3 pilar integrasi, yaitu: 1) integrasi proses (Integrated Process); 2) integrasi risiko (Integrated Risk); dan 3) integrasi audit (Integrated Audits).

Penerapan sistem manajemen terintegrasi dapat memberikan manfaat, antara lain:

a. Memudahkan pemenuhan berbagai standar sesuai kebutuhan organisasi;

b. Mengurangi konflik antar sistem manajemen;

c. Mengurangi duplikasi dan birokrasi;

d. Mengurangi kebutuhan sumber daya manusia, anggaran dan waktu;

e. Terkelolanya risiko organisasi secara holistik;

f.  Terlaksananya audit internal dan eksternal yang lebih efektif dan efisien; dan

g. Meningkatnya efisiensi kerja melalui optimalisasi proses dan sumber daya.

Sistem manajemen pengawasan Obat dan Makanan diterapkan dengan prinsip-prinsip sebagai berikut:

a. Berfokus pada pelanggan (Customer Focus)

Mengenali dan memenuhi kebutuhan pelanggan dan berupaya melampaui harapan. Pelanggan internal dan eksternal sama pentingnya untuk membangun lingkungan kerja positif

b. Kepemimpinan sebagai teladan (Leadership)

Menetapkan kesatuan tujuan dan arah, visioner, mampu melihat risiko dan peluang, menyediakan sumber daya dan memberi contoh positif

c. Keterlibatan setiap pegawai (Engagement of People)

Melibatkan, kesempatan dan kepercayaan, mengembangkan, kompetensi dan kemanfaatan Pegawai mampu mengidentifikasi risiko dan menjadi pengingat

d. Pendekatan proses (Process Approach)

Hasil yang konsisten efektif dan efisien ketika kegiatan dipahami dan dikelola sebagai proses yang saling terkait dan berfungsi sebagai sistem yang koheren. Memiliki tanggung jawab dan kendali terhadap proses.

e. Manajemen hubungan (Relationship Management)

Mengidentifikasi dan menentukan stakeholder, strategi mengelola hubungan dengan pihak berkepentingan yang relevan. Berbagi pengetahuan dan melibatkan dalam pencapaian tujuan

f. Pengambilan keputusan berdasarkan bukti (Evidence Based Decision Making)

Keputusan yang didasarkan pada analisis dan evaluasi data serta profesionalitas untuk mencapai tujuan. Menjamin ketersediaan data akurat dan andal

g. Perbaikan berkelanjutan (Continuous Improvement)

Konsistensi penerapan dan perbaikan, adaptif, mendorong keberanian untuk mengambil tindakan perbaikan, mengapresiasi inovasi.

h. Efektif dan efisien (Effective and Efficient)

Sumber daya minimal dengan hasil yang optimal

i. Ketaatan (Compliance)

Selaras dan taat ketentuan, tidak menoleransi kesewenangan dan penyalahgunaan